ב-1959 פורקה המעברה, ובמקומה הוקם ישוב
קבע שהוכרז כמועצה מקומית. כראש המועצה
המשיך לשמש מענית. בשנת 1962, כאשר ביישוב התגוררו
כ-1700 תושבים, שונה שם היישוב ל"ירוחם". כעבור שנתיים הוקמה
ביישוב מעברה נוספת, ונוספו כמעט 3000 תושבים.
במהלך שנות ה-60 סבל היישוב מכמה
שינויים - למרות שנפתח בו מפעל ראשון, בשנת 1965 נפתח כביש הערבה שהסיט ממנה את
התנועה לאילת. בסוף העשור נפתח הכביש בין באר שבע ומצפה רמון, וירוחם נותקה
מכל ציר תחבורה ראשי. בגלל גורמים אלו, בנוסף לריחוקה של ירוחם ממרכז הארץ (כ-150 קילומטר), עזבו צעירים
רבים את שטחה והיא סבלה שנים רבות מהגירה שלילית.